Герой Социалистического Труда (17.06.1961), конструктор космической техники, доктор технических наук (1960), профессор (1962).
Родился 31 августа 1921 года в городе Энгельс ныне Саратовской области. Русский.
После окончания школы в 1939 году поступил в Рыбинский авиационный институт. В августе 1941 года добровольцем ушел на фронт со студенческой скамьи. Воевал заместителем политрука роты 914-го саперного полка 29-й армии Западного фронта. В октябре 1941 года получил тяжелое ранение и был демобилизован. В 1942 году поступил в Ленинградский государственный университет (ныне — Санкт-Петербургский государственный университет) на механико-математический факультет, в 1946 году окончил его.
В 1946 году работал в НИИ-88 подмосковного Калининграда (ныне — Королев) под руководством С.П.Королёва по направлению деятельности — баллистика, прочность, аэродинамика баллистических ракет. Участник создания первых советских баллистических ракет.
В 1953 году был направлен для работы в ОКБ-586 (позже КБ, а затем НПО «Южное») в город Днепропетровск (Украинская ССР), главным конструктором которого являлся М.К.Янгель.
Осенью 1953 года был назначен начальником проектного отдела, состоящего из четырех секторов: проектно-конструкторского, баллистики и динамики, нагрузок и прочности, головных частей.
До 1977 года последовательно занимал должности начальника сектора, заместителя начальника, главного конструктора КБ «Южное». Один из основных разработчиков баллистических межконтинентальных ракет наземного и шахтного базирования, а также ракет-носителей для космических аппаратов.
За выдающиеся заслуги в создании образцов ракетной техники и обеспечение успешного полета советского человека в космическое пространство Указом Президиума Верховного Совета от 17 июня 1961 года В.М.Ковтуненко присвоено звание Героя Социалистического Труда с вручением ордена Ленина и золотой медали «Серп и Молот».
Под руководством В.М.Ковтуненко в 1975 году был успешно реализован совместный советско-индийский проект запуска индийского спутника дистанционного зондирования Земли «Ариабхата».
В декабре 1977 года В.М.Ковтуненко был назначен главным конструктором ОКБ Научно-производственного объединения (НПО) им. С.А.Лавочкина. Под его руководством и при непосредственном участии были разработаны проекты космических экспедиций к планете Венера, обеспечивших решение следующих задач:
— «Венера-11», «Венера-12» и «Венера-13», «Венера-14» — десантирование спускаемых аппаратов на поверхность планеты (впервые получены цветные изображения панорам с места посадки);
— «Венера-15», «Венера-16» — дистанционное исследование планеты (впервые проведено радиолокационное картографирование венерианской поверхности);
— «Вега-1», «Вега-2» (международный проект «Вега») — исследование в рамках одной экспедиции двух небесных тел, Венеры и кометы Галлея (при десантировании на поверхность Венеры впервые в мировой практике осуществлен запуск аэростатного зонда для изучения глобальной циркуляции атмосферы планеты и исследовано ядро кометы при пролете вблизи него сквозь кому).
В 1986 году был назначен генеральным конструктором и генеральным директором НПО имени С.А.Лавочкина. С 1989 года — вновь генеральный конструктор этого НПО. Автор свыше 130 научных работ и изобретений.
Так же параллельно занимал должности заведующего кафедрой аэродинамики Днепропетровского государственного университета (с 1961 по 1967), заведующего отделом Днепропетровского отделения Института механики УССР (с 1962 по 1970), заведующего кафедрой Московского физико-технического университета (с 1979 по 1989).
Член-корреспондент Академии наук УССР (1972). Член-корреспондент Академии наук СССР (1986), действительный член Международной академии астронавтики (1987), Заслуженный деятель науки и техники РСФСР (1991), кандидат технических наук (1953), доктор технических наук (1960), профессор (1962).
Лауреат Ленинской премии (1960), Государственной премии СССР (1978), премий Академий наук СССР и ЧССР.
Умер 10 июля 1995 года. Похоронен в Москве на Троекуровском кладбище.
Награждён 2 орденами Ленина (17.06.1961, 28.08.1986), орденом Отечественной войны 2-й степени (11.03.1985), медалями.